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Mercado.
Primero, voy a mencionar lo que han mencionado todos los que han respondido. Te puedes instalar casi cualquier distro Linux de forma totalmente gratuita en un portatil que ya tienes o en uno que vas a comprar.
Dicho esto, voy a asumir que cuando dices que son más caras, te refieres a la hora de comprar un portátil/laptop con un sistema operativo ya instalado. En tal caso, la respuesta a tu pregunta es: mercado.
En términos de hardware, más allá de los teléfonos con Android y los sistemas embebidos, de cara al usuario Linux tiene muy poco mercado. Poca gente compra un PC o un portátil con Linux preinstalado porque, 1, no lo conocen y 2, lo pueden instalar más tarde. Por ello, no hay mercado para ese tipo de negocio y de ahí que los precios sean más altos.
Dicen que un portátil con Linux en teoria deberia costar menos que un portátil con Windows. Esto sería correcto si nos fijaramos sólo en las licencias y asumieramos que la distro a usar le saliese completamente gratis al fabricante de dicho portatil (nada de royalities, nada de soporte por parte de los desarrolladores etc..). Pero si miramos bien, vemos que los fabricantes de hoy en dia, tienen acuerdos absurdos los unos con los otros. Una licencia OEM de Windows el fabricante la puede exprimir y que apenas se note en el precio final del producto. También hay acuerdos con los fabricantes de componentes y de ahí que lo que a ellos una tarjeta de red igual les cuesta $20, a una empresa relativamente nueva que no tenga mucha clientela le cueste $35.
Y ese es el problema, las empresas como System76 no son fabricantes de de gran escala, algunas seguramente ni tengan fábricas de montaje si no que se lo pidan a empresas de terceros, no tienen acuerdos que reduzcan el precio de la producción y lo más importante, han de invertir más en un mercado más pequeño.
Cuando vendes un portatil con Windows estás compitiendo en todo el mercado, cuando vendes uno con Linux, estás «compitiendo» en un mercado con muy poca demanda… y poca demanda es igual a poca producción lo que es igual a subida de precios.
Tomemos por ejemplo el portátil de entrada de System76 a dia de hoy:
El Gazelle de 15″. La versión más barata con un Core i7-9750H, 8GB de RAM (DDR4), una GTX 1650 con 4GB de VRAM, 240 GB de SSD (M.2) y una garantía super limitada de 1 año, sale por $1,149.
Por casi el mismo precio me podria coger un MSI GF63 Thin con el mismo procesador, 16GB de RAM (DDR4), la misma gráfica, 512 GB de SSD (NVMe) y además una pantalla de 120hz (en vez de 60hz) que me saldría por por unos $1000–$1200 segun cuando lo pille.
Doble de RAM, doble de almacenamiento, mejor pantalla, mayor garantía, mismo precio y además tienes licencia de Windows.
¿Que pasa? MSI es un fabricante más que establecido y se puede permitir acortar costes donde System76 no puede. Tienen montado todo lo necesario desde la cadena de montaje, el desarrollo de sus aplicaciones, los contratos comerciales hasta el soporte técnico. System76 tiene que hacer todos eso para un mercado que no le pisa ni los pies al de MSI en términos de compradores potenciales. Ende sale todo mas caro.