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La lista es larga si no infinita ya que puedes trabajar toda tu vida en asegurar un servidor y los hackers trabajaran toda la vida descubrir maneras exitosas de pasar estas medidas, gran parte de las veces los servidores son violentados con ingeniería social o por empleados accidental o intencionalmente, de todos modos en respuesta a tu pregunta estas son algunas de las medidas más recomendadas:
- Firewall
- Red de distribución de contenido (CDN)
- Certificados digitales SSL / HTTPS
- Conexiones FTP Seguras
- Acceder el backend remotamente con autenticación de dos factores
- Backups automáticos diarios mantenidos fuera del servidor web (snapshots)
- Escaneos diarios de malware y vulnerabilidades
- Listas blancas y listas negras de direcciones IP
- Escáner que busque actualizaciones a los scripts instalado en le servidor y notifique al administrador
- Antivirus en los servidor o servidores es de correo
- Restringir el acceso FTP y al panel administrativo a ciertos paises via GeoIP
- Pines y Preguntas de Seguridad para recibir soporte en el datacenter
- Servidor Virtual en la Nube con balanceo dinámico de carga
- Entrenar muy bien al personal con acceso al servidor en como proteger los accesos remotos al mismo desde sus computadoras y los passwords que deben ser cambiados periódicamente y cuando un empleado con accesos elevados deja la empresa la clave debe ser cambiada de inmediato y una revisión de seguridad sería recomendada
- Auditorías de seguridad por terceras partes al menos cada dos años serían también recomendadas
Por todo lo anteriormente expuesto es que recomiendo a menos que se tengan grandes recursos el el utilizar proveedores de servidores virtuales en la nube que invierten billones de dólares en seguridad
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(Microsoft Azure, Amazon Cloud, Google Cloud Services), no es perfecto pero probablemente será más seguro y estable que lo una empresa pequeña pueda implementar localmente o utilizando proveedores pequeños de hosting.

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