Tengo dos disco duros con diferentes SO. ¿Cómo elimino uno y que los dos tengan el mismo SO?

Eliminar, es eliminar, perder para siempre.
Ahora, si son SATA, no importa la posición del cable, identifica y conecta preferentemente el disco duro con el sistema operativo que deseas mantener, en el SATA1, entra al BIOS y asignalo como dispositivo predeterminado de arranque.
Unidad de disco duro - Wikipedia, la enciclopedia libre
  1. Prueba la configuración
  2. Apaga el equipo
  3. Conecta el otro disco duro, identifica marca, modelo y número de serie
  4. Enciende el equipo
Espera a que arranque el sistema DEL OTRO DISCO DURO, si esto no sucede hubo un error, repite.
Suponiendo que es un Windows 10
  1. Click derecho sobre bandera Windows
2. Selecciona DISK MANAGEMENT
3. Borra particiones existentes de disk1
4. Crea una particiones primarias y formatearla
5. Queda como unidad D:
Si lo que deseas es unificar ambas unidades como una sola unidad C:, hablamos de particiones GPT y unificación de volúmenes, no lo puedes hacer con la unidad C: hasta donde yo sé, busca stripper & spanned volumen
Hay muchas variantes, no indicas si vas a reinstalar sistema operativo, usa una controladora raid, soft-raid, estaría bien que deseas hacer antes de extender el tema.

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